Pengembangan ilmu Kebijakan dan Manajemen di FK UGM dimulai pada bulan September 1992 saat Magister Manajemen Rumah Sakit UGM didirikan. Sebelumnya memang ada pengembangan ilmu manajemen di FK UGM namun belum sampai pada suatu pengembangan kelembagaan. Sebagai gambaran, sebelum MMR didirikan, ada proyek Manajemen Puskesmas yang didanai oleh Ford Foundation pada pertengahan dekade 1980an dan Health Priorities Analysis Unit yang didanai oleh CIDA di awal 1990an. Kedua proyek ini dikelola Dr. Rossi Sanusi PhD yang menjadi Ketua Program Penddiikan Kedokteran Komunitas (CCHC) saat itu.

Pendirian MMR yang dimulai oleh Prof. Dr. Makmuri Mukhlas (almarhum), Prof Hari Kusnanto, dan Prof. Laksono Trisnantoro merupakan kegiatan akademik pertama yang membawa nama Manajemen di dalam lingkup Fakultas Kedokteran, walaupun secara hukum masih berada di program Pascasarjana UGM. Setelah Prof Makmuri Mukhlas (almarhum), kemudian berturut-turu Prof Soenartini Hapsoro, dan Prof Adi Utarini menjadi Ketua Pengelola. Pendirian MMR dapat disebut sebagai titik awal penting pengembangan ilmu kebijakan dan manajemen di FK UGM sehingga dijadikan momentum refleksi.

Setelah MMR didirikan di tahun 1992, kemudian berturut-turut didirikan berbagai minat dalam kelompok IKM yang menggunakan kebijakan dan manajemen yaitu: Kebijakan dan Manajemen Pelayanan Kesehatan (1995) oleh Prof Hari Kusnanto dan Prof Laksono Trisnantoro, dr.Mubasysyir Hasanbasri, Manajemen dan Kebijakan Obat di tahun 1996 oleh Dr. Budiono Santoso dan Prof. Suryawati, Kebijakan Pembiayaan dan Manajemen Asuransi Kesehatan di tahun 2000 oleh Prof Ali Ghufron Mukti dan Drg. Julita Hendrartini, dan Sistem Informasi Manajemen Kesehatan di tahun 2005 oleh Prof Hari Kusnanto, dan Anies Fuad DEA. Sebagai catatan KPMAK merupakan pengembangan dari MMR untuk lebih memperdalam aspek manajemen asuransi kesehatan. Sistem Informasi Manajemen Kesehatan dikembangkan dari KMPK.

Setelah pendidikan S2, pada tahun 1997 didirikan Pusat Manajemen Pelayanan Kesehatan yang berfokus pada pengembangan ilmu manajemen dengan dipimpin oleh Prof Laksono Trisnantoro. Mengapa ilmu Manajemen? Pada saat tersebut memang ada strategi untuk mengembangkan ilmu manajemen yang lebih cocok untuk para staf yang masih muda-muda, dan setahap demi setahap akan dikembangkan ilmu kebijakan. Hal ini terbukti bahwa penelitian kebijakan baru mulai berjalan di pertengahan dekade 2000an. Pada tahun 2010, dilakukan pergantian pemimpin yaitu ke Dr. Yodi Mahendradhata.