Masa studi efektif di Program Magister KMK, FK-KMK UGM adalah 24 bulan. Masa studi selama 4 semester dan maksimal masa studi 6 semester. Beban studi pendidikan Program Magister KMK, FK-KMK UGM bervariasi antara 4-50 SKS, termasuk tesis.

Sistem pendidikan di Program Magister KMK, FK-KMK UGM mengikuti program reguler penuh, baik untuk kelas reguler maupun kelas internasional. Lama pendidikan efektif program reguler penuh adalah 18 bulan dengan masa pembelajaran di kampus selama 3-4 bulan/semester.

Sejak tahun 2008 bulan April, Program Magister KMK, FK-KMK UGM memberikan gelar kesarjanaan internasional untuk lulusannya. Gelar kesarjanaan untuk semua minat adalah Master of Health Policy and Management (MHPM) dengan keterangan peminatan seperti yang terulis pada transkrip akademik.