Pada awalnya, Program Studi Kebijakan dan Manajemen Kesehatan merupakan bagian dari Program Studi Ilmu Kesehatan Masyarakat. Kinerja Program Studi Magister Ilmu Kesehatan Masyarakat menunjukkan perkembangan yang pesat baik dari segi akademik maupun mutu pembelajaran. Pada tahun 2015, 4 peminatan dari Program Studi Ilmu Kesehatan Masyarakat mengajukan pendirian sebuah program studi baru yaitu Program Studi Magister Kebijakan dan Manajemen Kesehatan. Pendirian program studi ini menyesuaikan perkembangan ilmu di tingkat nasional dan internasional serta kebutuhan untuk memperkuat sistem kesehatan.
Program Studi Magister Kebijakan dan Manajemen Kesehatan saat ini memiliki 4 minat utama sebagai berikut:
- Manajemen Rumah Sakit, berdiri tahun 1992
- Kebijakan dan Manajemen Pelayanan Kesehatan, berdiri tahun 1993
- Kebijakan dan Pembiayaan dan Manajemen Asuransi Kesehatan, berdiri tahun 2000
- Sistem Informasi Manajemen Kesehatan, berdiri tahun 2005
Pendirian Program Studi Magister Kebijakan dan Manajemen Kesehatan FK-KMK UGM sebagai yang pertama di Indonesia telah disahkan melalui SK Rektor Universitas Gadjah Mada Nomor 1296/UN.1P/KPT/HUKOR/2019 yang menetapkan bahwa program studi ini dikelola secara langsung di bawah Fakultas Kedokteran, maka selanjutnya program studi ini ada di bawah pengelolaan FK-KMK UGM. Program Studi Magister Kebijakan dan Manajemen Kesehatan mendapatkan SK Akreditasi Minimal pada tahun 2022. Kemudian Rektor Universitas Gadjah Mada mengesahkan SK Nomor 391/UN1.P/KPT/HUKOR/2022 tanggal 11 April 2022 tentang Perubahan atas SK Nomor 1296/UN.1P/KPT/HUKOR/2019 tentang pembukaan Program Studi Magister Kebijakan dan Manajemen Kesehatan. Akreditasi Minimal Peringkat Baik didapatkan melalui SK Nomor 0014/LAM-PTKes/Akr.PB/Mag/VII/2022 tanggal 27 Juli 2022. Tepatnya pada Februari 2023 Prodi S2 KMK untuk pertama kalinya mendapatkan Akreditasi Unggul dari LAM-PTKes dengan nomor 0013/LAM-PTKes/Akt/Mag/II/2023.
Keunggulan program studi adalah penekanan pada kompetensi untuk penguatan sistem kesehatan sesuai dengan kerangka Six Building Block WHO, dengan mengutamakan strategi inovasi dan transformasi digital. Mata kuliah penciri program studi mencerminkan integrasi kerangka sistem kesehatan yaitu mata kuliah kebijakan dan manajemen kesehatan, hukum, etika dan regulasi kesehatan masyarakat (kerangka tata kelola dan kepemimpinan), keselamatan pasien dan tata kelola klinis, kebijakan dan manajemen mutu, sumber daya manusia dan kepemimpinan (kerangka SDM dan pelayanan kesehatan), informatika kesehatan dan transformasi digital (kerangka informasi dan teknologi kesehatan), pembiayaan kesehatan (kerangka pembiayaan kesehatan) serta biostatistik dan metodologi penelitian.
