Kurikulum di Program Magister KMK, FK-KMK UGM disusun berdasarkan kompetensi lulusan yang telah ditetapkan. Dengan demikian, mata kuliah di Program Magister KMK, FK-KMK UGM terdiri atas : (1) Kurikulum Inti Kebijakan dan Manajemen Kesehatan; dan (2) Kurikulum Minat.

Kurikulum inti Kebijakan dan Manajemen Kesehatan merupakan suatu mata kuliah wajib program studi atau mata kuliah dasar umum (MKDU) yang harus diberikan dalam pendidikan pascasarjana Kebijakan dan Manajemen Kesehatan. Kurikulum inti terdiri atas 33 SKS (termasuk tesis).

Keunggulan program studi adalah penekanan pada kompetensi untuk penguatan sistem kesehatan sesuai dengan kerangka Six Building Block WHO, dengan mengutamakan strategi inovasi dan transformasi digital. Mata kuliah penciri program studi mencerminkan integrasi kerangka sistem kesehatan yaitu mata kuliah kebijakan dan manajemen kesehatan, hukum, etika dan regulasi kesehatan masyarakat (kerangka tata kelola dan kepemimpinan), keselamatan pasien dan tata kelola klinis, kebijakan dan manajemen mutu, sumber daya manusia dan kepemimpinan (kerangka SDM dan pelayanan kesehatan), informatika kesehatan dan transformasi digital (kerangka informasi dan teknologi kesehatan), pembiayaan kesehatan (kerangka pembiayaan kesehatan) serta biostatistik dan metodologi penelitian. Salah satu mata kuliah penciri program studi juga mendukung untuk inovasi dan transformasi digital yaitu mata kuliah Informatika Kesehatan dan Transformasi Digital. Program Studi Magister Kebijakan dan Manajemen Kesehatan memiliki fasilitas penunjang laboratorium Digital Health Innovation Studio sebagai studio untuk mendukung penelitian dan berbagai kegiatan mahasiswa seperti magang. Digitalisasi ini dilaksanakan secara terintegrasi dengan pendidikan dan pengabdian masyarakat. Kompetensi digital yang diharapkan dicapai mahasiswa mencakup keterampilan digital, komunikasi digital, kolaborasi digital, serta mempromosikan literasi digital. Keterampilan digital secara umum seperti kerahasiaan dan perlindungan data, pemecahan masalah didukung dengan teknologi, pertimbangan legal dan etis terkait data kesehatan. Keterampilan digital secara teknis juga diperkenalkan kepada mahasiswa seperti telemedicine, aplikasi kesehatan dan smart device.

Setiap mata kuliah dilengkapi dengan RPKPS (Rancangan Program dan Kegiatan Pembelajaran Semester) dan modul pembelajaran. Beberapa mata kuliah kurikulum inti dapat diselenggarakan bersama ataupun diselenggarakan oleh setiap minat dengan mengacu pada RPKPS yang telah disusun bersama. Kurikulum minat di Program Magister KMK, FK-KMK UGM adalah mata kuliah lintas disiplin di luar mata kuliah inti dan merupakan mata kuliah yang spesifik minat. Pelaksanaan kegiatan perkuliahan dilaksanakan oleh setiap klaster atau minat.