Berdasarkan visi dan misi yang telah ditetapkan, Progam Magister KMK, FK-KMK UGM memiliki rumusan kompetensi lulusan yang dibagi menjadi kompetensi utama, tambahan dan kompetensi lain. Kompetensi utama dicapai melalui mata kuliah dasar umum (MKDU) yang diikuti oleh seluruh peminatan, sedangkan kompetensi khusus diberikan sesuai dengan spesifikasi peminatan. Lulusan Program Magister KMK, FK-KMK UGM memiliki 70% kompetensi yang sama, kompetensi 70% muatan kurikulumnya seragam dengan muatan program studi. Hanya 30% yang berasal dari 30% kompetensi minat.

Kompetensi lulusan Kebijakan dan Manajemen Kesehatan terdiri dari tujuh ranah sebagai berikut:

1.Keahlian untuk menyusun dan menganalisis kebijakan

Mampu menyusun dan menganalisis kebijakan kesehatan di tingkat organisasi, daerah, nasional dan internasional yang didukung oleh pemahaman terhadap kebijakan yang berlaku, pemahaman terhadap peran stakeholders, kemampuan pengambilan keputusan yang bijaksana dan akurat dan kemampuan untuk berpikir kritis

2.Keahlian manajemen dan bisnis

Mampu menghasilkan nilai tambah dalam proses pengelolaan fasilitas pelayanan kesehatan perseorangan/rumah sakit melalui penerapan fungsi manajemen dan prinsip bisnis sehingga dapat meningkatkan mutu, aksesibilitas, keterjangkauan, ekuitas, efektifitas, dan efisiensi rumah sakit

3.Keahlian sistem kesehatan

Mampu menganalisis dan merespon dinamika faktor eksternal yang meliputi sistem dan organisasi fasilitas pelayanan kesehatan perseorangan/rumah sakit, perspektif pasien dan komunitas, kebijakan dan lingkungan dengan menggunakan pendekatan Evidence Based Management Practice (EBMP) dan knowledge management guna meningkatkan mutu pelayanan, keunggulan kompetitif serta keberlangsungan organisasi fasilitas pelayanan kesehatan perseorangan/rumah sakit dan pengembangan ilmu. Memahami makna reformasi kesehatan dan perubahan dan dampaknya terhadap sebagai kegiatan di sektor kesehatan

4.Keahlian memimpin

Mampu membangun mental model pemimpin agar dapat berperan sebagai manajer, leader, researcher dan konsultan perumahsakitan dengan mengembangkan peran kepemimpinan dan mengelola perubahan. Mampu membangun iklim dan budaya organisasi untuk beradaptasi dan mentraformasi seluruh elemen organisasi melalui kepemimpinan yang efektif (team leadership dan drive result). Dapat menggunakan konsep good corporate governance dalam dinamika lingkungan bisnis untuk menyusun rencana pengembangan yang strategis

5.Keahlian komunikasi

Mampu berkomunikasi sebagai leader dan manajer fasilitas pelayanan kesehatan perseorangan/rumah sakit untuk melakukan advokasi, negosiasi (mediasi) dan lobby secara interpersonal, massa, dan media sehingga berhasil membangun kemitraan secara berkesinambungan dengan pemangku kepentingan (stakeholder)

6.Penelitian

Mampu melakukan penelitian di bidang ilmu kebijakan dan manajemen kesehatan sesuai dengan kaidah-kaidah metodologi penelitian yang baik

7.Kompetensi tambahan

Kompetensi tambahan adalah kompetensi spesifik minat utama di Program Magister KMK, FK-KMK UGM yang disusun berdasarkan kompetensi utama dan kekhususan peminatan. Kompetensi tambahan dijabarkan oleh setiap peminatan